نرم افزارهایی که با زبان مرتبط با سیستم عامل تولید می‌شوند، نرم افزار بومی یا اپلیکیشن Native می گویند. برای ساخت این نرم افزار برای اندروید از زبان جاوا و برای آیفون زبان objective-c  استفاده می شود. اپلیکیشن نیتیو که از طریق فروشگاه‌های اپلیکیشن (مثل گوگل پلی و اپ استور) به گوشی اضافه می‌شوند.

امکان تعامل با برنامه‌های دیگر و دسترسی به ویژگی‌های گوشی برای اپلیکیشن های نیتیو فراهم است. اپلیکیشن‌های Native به راحتی می‌توانند با سایر برنامه‌های تلفن همراه ارتباط برقرار کنند. این برنامه‌ها دسترسی کامل به ویژگی‌های داخلی دستگاه‌های تلفن همراه، مانند GPS، دوربین، بلوتوث، لیست مخاطب، میکروفون، NFC، شتاب سنج و سیستم پخش را دارند.